ミッション系大学（ミッションけいだいがく）は、キリスト教に関係がある組織や関係の深い人物が設立した学校法人によって、設置運営されている日本の大学の総称である。正しくは、「キリスト教系大学」と呼ぶべきであるが、多くのそれは欧米諸教会の伝道局（ミッション）によって設立されており、明治期にはミッションスクールと呼ばれていたことから、キリスト教系学校の代名詞として現在でも使われている。近年では、ミッションからの独立が進みキリスト教主義学校となっている。キリスト教主義に基づく教養教育、小・中・高・大の一貫教育や、自由な学風、外国語教育、そして礼拝堂（チャペル）を備えたキャンパスなど多くの特色を持つ。また、教派を同じくする海外の大学と交流・提携する学校も少なくない。プロテスタント系大学（キリスト教学校教育同盟）が56大学、カトリック系大学（日本カトリック学校連合会）が20大学を数える。日本にあるキリスト教系大学は全て西方教会系のものであり、東方教会（正教会・東方諸教会）系のものは日本には存在しない。カトリックの教会法によると、「カトリック学校」「カトリック大学」と名乗れるのは所轄の司教の認可を受けた学校のみである(Can.803 § 3, Can.808)。以下、（）内は設立・運営母体となる修道会・宣教会

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