有能な歯科医師の育成を目指し、佐久間象山、福澤諭吉の学訓や国主的精神に立脚する「建学の理念」を具現化するため創立された。　　　　　　　　　　　（総合歯科医学研究所を基盤とした、歯科大学･歯学部初の独立研究科）松本歯科大学は、建学の理念を具現化し、人間教育全体を教育目標とする。人間としての倫理に基づき先ず「良き歯科医師となる前に良き人間たれ」という教育方針をモットーとし、将来歯科医師として社会に貢献し、歯科医学の発展に寄与することができる人材を育成する。本大学院は、総合歯科医学研究所を基盤とし、学部・講座を主体とする縦割り組織の弊害をなくした、独立研究科として設置される。研究所の3部門を中核とした硬組織疾患制御再建学講座、顎口腔機能制御学講座、健康増進口腔科学講座の3つの大講座を置き、その下に研究目標を同じくする13のユニットによって構成されている。大学教育の場としての総合歯科医学研究所の充実した設備、歯科医学における重点課題の研究促進、縦割型研究組織の壁を撤廃、歯科医学の基礎系研究者と臨床系研究者との連携・融合、形態系・機能系・臨床系を横断する高度な教育と研究などが挙げられる。日本の歯科大学では初めての包括的で総合的な大学院であり、先進の歯科医学やライフステージに対応でき、遺伝子治療など今日的な医療課題を克服できる高度な歯科医療職業人、および先端科学に対する総合的視野をもつ研究者の育成を行う。また、医学・歯学系の大学院研究科としては珍しく、昼夜開講制をとっている。2012年度2009年度までは入学から卒業までに要する費用が高額なことで知られていたが、これまで教育に必要な諸施設が概ね完成したことで現在では私立歯学部の中で最も低いランクの金額にまで減額されている。さらに2009年度より特待生制度を設けて、大幅な学費減免措置も行われている。第108回（H26年）試験結果より。

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