長崎漁港（ながさきぎょこう）は、長崎県長崎市にある特定第3種漁港である。かつては長崎港内に位置していたが、1989年（平成元年）に主な漁港機能を長崎市北西部の畝刈・三重地区に移転した。長崎港と区別するために新長崎漁港（しんながさきぎょこう）と呼ばれることもある。かつては東シナ海を漁場とする底引き網漁業「以西底引き」の重要な拠点だった。公海での漁業規制や漁獲量の減少により以西底引きが振るわなくなり、漁獲高は減少している。また、漁港南岸の多以良町には長崎県総合水産試験場・長崎大学環東シナ海海洋環境資源研究センター・水産総合研究センター西海区水産研究所の3研究施設が並んでいる。これらの研究施設前にある埠頭には長崎大学水産学部の練習船2隻（長崎丸、鶴洋丸）や長崎県警察の巡視艇などが着岸している。

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