消化酵素（しょうかこうそ）は、消化に使われる酵素のことである。分解される栄養素によって炭水化物分解酵素、タンパク質分解酵素、脂肪分解酵素などに分けられる。生物が食物を分解するために産生するほかは、食品加工、胃腸薬、洗剤として使用される。海外ではサプリメントとしての利用も一般化している。一般にプロテアーゼ（広義のペプチダーゼ）と呼ばれる。また、腸液に含まれるプロテアーゼの混合物はエレプシンと呼ばれる。※唾液には少量含まれる。リパーゼが腸液に含まれるとするかは解釈が分かれている。

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