ジュンク堂書店（ジュンクどうしょてん、）は、大手書店チェーンで、丸善CHIホールディングスの完全子会社である株式会社丸善ジュンク堂書店が運営している。「淳久堂書店」や「JUNKUDO」と表記されることもある。2015年1月までは株式会社ジュンク堂書店が運営していた。ジュンク堂書店では、日本全国に展開する店舗群の書籍販売の拠点となる巨大店舗を「本店」として大阪と東京に出店している。三宮店は創業の地ではないが、「ジュンク堂書店」の発祥の地であることは間違いなく、ジュンク堂書店の店舗群の中でもっとも歴史がある。2000年に増床するまでは地下と1階にあり（2階以上は別テナントであった）、三宮店の地階部分が「ジュンク堂書店」発祥以来の売場であった。かつては1階と地階を連絡する店内階段があったが、地階が別テナント（HMV三宮）となって数年後には撤去された。1階と2階を連絡する階段は、2階が別テナントだった時代から設置されている。ジュンク堂書店の戦略は「充実した品揃え」とされ、どの分野の書籍も満遍なく置かれているのが特徴。梅田店（2,060坪）、池袋本店（2,000坪）、札幌店（1,800坪）、福岡店（2,060坪）、新潟店（1,505坪）、那覇店（1,500坪）、大阪本店（1,480坪）、三宮店（1,400坪）、鹿児島店（1,300坪）、ロフト名古屋店（1,200坪）、吉祥寺店（1,100坪）、旭川店（1,050坪）などにみられるように、大型書店の基準といわれる500坪を超える1,000坪以上の売場面積の店舗が多い。その反面、多少不便でも来店する目的意識の強い顧客にターゲットを絞っており、出店地はターミナル駅からやや離れた1.5等地が多い。ただ、出店地域には偏りが多い。また、オープンカフェの設置や読書用の椅子、机などを配置する店舗もある。平台よりも縦に並べた書架の多い図書館風のレイアウトも特徴で、同社の戦略は他の書店に影響を与えたと言われている。2015年2月1日、同じ丸善CHIホールディングス傘下の丸善書店と合併し、丸善ジュンク堂書店として発足した。「丸善」と「ジュンク堂」の店舗名は変更しない。名称は、起業した工藤恭孝代表取締役社長の父親である工藤淳の名前に由来している。当時、父親の経営していた会社キクヤ図書販売株式会社に入社したのち、書店部門（同じく父親が元町に開店していた株式会社大同書房）を任され独立し、1976年に三宮センター街へ移転することになった。この際、新たに付けた店名がジュンク堂。色々な名を父親に提案したが、どれも駄目だと言われ、苦肉の策で「淳工藤」と父親の名前をひっくり返したら意外に気に入られ決定したという。

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