畠山 在氏（はたけやま ありうじ、生没年不詳）は、戦国時代の武将。畠山総州家6代当主。通称は小次郎、官位は右衛門督（上総介）。畠山義堯の子または弟で尚誠の父。在氏の時代の畠山総州家の実権は家臣の木沢長政が握っており、傀儡政権の様相を呈していた。天文6年（1537年）には代替文書とも言える、観心寺への弾銭等の免除発給文書が発行されており、その頃までには家督を継承していたと思われる。畠山尾州家（畠山政長の一族）当主畠山弥九郎との連携は続いていたが、天文10年（1541年）に長政が細川晴元に反旗を翻すと、在氏は同調せず飯盛城に拠っていた。長政は翌天文11年（1542年）に幕府軍の追討で戦死（太平寺の戦い）、在氏も連座して飯盛城を幕府軍に攻められ、幕府側との和睦交渉を続けたが結局不調に終わり、天文12年（1543年）1月に飯盛城は陥落した。その後本願寺などに通じて復権を図るが、細川氏綱の乱で天文16年（1547年）に晴元政権に帰参するも、天文18年（1549年）5月9日に氏綱と結ぶ三好長慶・遊佐長教らの軍勢に敗北し没落した。以後の消息は不明、子の尚誠が家督を継いだ。

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