1932年に建設費を渡辺甚吉からの全額寄附により賄い設置された岐阜薬学専門学校を母体とし、1949年に岐阜市が設置した。岐阜県立ではなく、岐阜市立の大学である。学部は薬学部のみではあるが、製造薬学科・厚生薬学科の2学科（入学定員120名）があり、大学院博士前期・後期課程が併設されている。2006年度入学生からは、薬学部6年制導入によりこれまでの2学科を改め、卒業すれば薬剤師国家試験受験資格を得られる6年制の薬学科（入学定員100名）と、研究者育成のための4年制の薬科学科（入学定員40名）に再編成された。薬科学科は卒業しただけでは薬剤師国家試験受験資格は得られないが、当面の間は経過措置として、薬学研究科修士課程修了と1年間の実習を経ることで受験資格を得ることができる。この経過措置は薬剤師法により2017年度入学者までと定められている。中期日程入学試験を採用しており、地方公立大学には珍しく岐阜県出身の学生は10%程度で北海道～沖縄まで幅広い県から学生が集まる。2004年卒業生の薬剤師国家試験合格率90.3%。大学院在籍者を含む学生総数、約640名。専任教官65名（内博士号取得者52名）。構想変更の模様：岐阜大学医学部近くに4,5,6回生の教育と一部研究用の6階立て学舎増築の予定（朝日新聞地方版2005年1月26日、読売新聞地方版2005年1月27日より）。所在地：岐阜県岐阜市大学西1-25-4本部キャンパスは岐阜大学医学部の敷地内にある。所在地：岐阜県岐阜市三田洞東5-6-1三田洞キャンパス北隣に岐阜県立岐阜城北高等学校がある。所在地：岐阜県岐阜市椿洞字東辻ケ内９３５ 畜産センターに隣接する岐阜市椿洞にあり、温室があり117科700余種の薬用植物を栽培し、育種研究及び野外教育を行っている。1985年（昭和60年）より季節を限定して一般公開を行っている。所在地：岐阜県岐阜市大学西１丁目108−3大学附属薬局。学生の実習にも利用される。所在地：岐阜県高山市高根町中洞サークルは存在せず、全て部活のみで構成されている。学生の部活所属率は約90％である。本部キャンパス使用開始(2010年)に伴い採算が取れなくなり、廃止。本部キャンパスでは岐阜大学医学部の学食を利用し、三田洞キャンパスでは学内の小さなコンビニを利用する。

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