1884年（明治17年）ドイツ人教師ルドルフ・レーマンによって創立された京都私立独逸学校に始まる、薬系私立大学では日本で２番目の歴史と伝統を持つ。1892（明治25）年に私立京都薬学校、1919（大正8）年に京都薬学専門学校を経て、1949（昭和24）年に京都薬科大学へと昇格した。その建学の精神である「愛学躬行」（あいがくきゅうこう）は今に受け継がれている。「愛学躬行」という言葉は、ラテン語の“Philosophia et Praktikos"を翻訳したもので、Philosophiaは「愛知」や「哲学」を意味する。Praktikosは「実践」や「躬行」を意味する。躬行という言葉は「言ったことを自ら実際に行うこと」で有言実行に近い。「愛学躬行」の基となったラテン語の"Philosophia et Praktikos"という言葉をエントランスホールの正面に掲げ、本学の建学の精神として末永く伝えることとしている。2006年度入学生から薬学6年制を採用している。4年制時代には以下の3学科があった。東京大学薬学部に次ぎ、薬学部としては2番目に文部科学省・21世紀COEプログラムの拠点に選定された。以下の施設がある。京都薬科大学には現在、運動系、文化・学術系合わせて約30のクラブが活動している。多くの運動部は関西薬学生連盟に加盟している。部の中には歴史の古いものも多く、昭和6年、京都薬学専門学校であった当時には少なくとも以下の部活動が存在していた。毎年11月に、京薬祭という名前で開催されている。

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