第79回東京箱根間往復大学駅伝競走（だい79かいとうきょうはこねかんおうふくだいがくえきでんきょうそう）とは、2003年1月2日から1月3日までに開催された第79回目の東京箱根間往復大学駅伝競走である。1区18キロ過ぎまで、全員が集団で進んだが、19.5キロ過ぎで駒沢大学が独走態勢に入った。区間賞は駒澤大学の内田直将が獲得した。駒沢大学は初めてトップでタスキリレー。1位通過の駒大から最下位まで1分01秒のタイム差で2区に襷が渡り、2区では順天堂大学の中川拓郎が歴代最多となる15人抜きの記録を樹立し、区間賞は8人抜きで中央大学を先頭に立たせた藤原正和が獲得した。神奈川大学は16人に抜かれる大ブレーキ。3区では國學院大學の山岡雅義が最下位から襷を受け力走、2度目の箱根駅伝出場となる母校に初の区間賞をもたらした。大東文化大学は8人抜きで8位に浮上。トップは中央大学が守り、16年ぶりトップでタスキリレー。4区では山梨学院大学のデビット・カリウキが順位を3位から先頭に押し上げ、区間賞を獲得した。4区での首位交代は27回目。ここ6年では4回発生。山梨学院が小田原中継所を9年ぶり3回目のトップでタスキリレー。カリウキから襷を受けた森本直人が5区をそのまま先頭で登りきり、山梨学院大が1994年以来9年ぶり3回目の、往路優勝のゴールテープを切った。5区区間賞は5人抜きで10位から5位に押し上げ区間新記録を達成した東海大学の中井祥太が獲得した。往路優勝を果たした山梨学院大の5時間31分06秒は、従来の記録5時間33分40秒を2分34秒更新する往路新記録となった。2位でゴールした駒澤大学も従来の記録を上回る5時間32分45秒を残している。3位以下は日本大学、大東文化大学、東海大と続いた。大東文化大学は3人抜きで4位。神奈川大学は3人抜き、早稲田大学は6人抜き、中央大学は10人に抜かれる。復路は18年ぶり16回目の、雪の降る悪天候の中行われた。この大会からオープン参加が認められた関東学連選抜を始め、亜細亜大学、関東学院大学、法政大学、専修大学が往路優勝の山梨学院大とのタイム差から、復路繰り上げ一斉スタートとなった。6区では中央大の野村俊輔が4人抜きでチームを先頭に立たせ区間賞を獲得した。山梨学院が8年ぶり5回目でトップでタスキリレー。7区では山梨学院大の岩永暁如が区間賞を獲得しトップを守る。8区では駒大の太田貴之が先頭の山梨学院大との差を58秒まで縮める走りで区間賞を獲得。山梨学院大学は9年ぶりトップでタスキリレー。9区では駒大主将の島村清孝が区間記録に2秒差の力走で15.8キロ地点で山梨学院大を抜き、チームを先頭に押し上げ区間賞を獲得した。10区では北浦政史が区間新記録を達成、同大学の3区間連続区間賞獲得となり、そのまま駒大が総合優勝、箱根駅伝連覇を達成した。復路の記録は5時間31分02秒、総合タイムは11時間03分47秒であった。2位に山梨学院大、以下日大、大東文化大、中央大となった。また、この大会では復路スタート以外の繰り上げスタートがなかった。この大会から20チームが出場することとなり、前大会上位の9校に加え、通過枠を4校増やした予選会通過校の10校、さらにオープン参加の関東学連選抜チームの計20チームで行われた。また、今大会から次大会のシード権を上位10校まで与えることになった。次大会の予選会通過校は9校となる。なおこの大会の予選会より、予選会7位以下チームにはインカレポイントを加味した予選会順位決定方法が導入されている。國學院大学の山岡雅義は大学史上初めての区間賞獲得。

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