牟岐線（むぎせん）は、徳島県徳島市の徳島駅から徳島県海部郡海陽町の海部駅に至る四国旅客鉄道（JR四国）の鉄道路線（地方交通線）である。阿佐海岸鉄道阿佐東線とともに「阿波室戸シーサイドライン」の愛称が付けられている。徳島県東部の徳島市・小松島市・阿南市を結び、さらに南東部の海岸沿いに走り県南部とを結ぶ。改正鉄道敷設法により「高知縣後免ヨリ安藝（芸）、徳島縣日和佐ヲ經テ古庄附近ニ至ル鐵道」として室戸・後免方面への延伸が計画されていたが国鉄線としては海部駅までの延伸で終わった。海部 - 甲浦間は阿佐海岸鉄道阿佐東線として1992年に開業している。優等列車として徳島駅 - 牟岐駅・海部駅間に特急「むろと」、徳島駅 - 阿南駅間に特急「ホームエクスプレス阿南」がある。「むろと」の夜1本は徳島発海部行きで、牟岐駅からは普通列車として運転されている。車両は「むろと」・「ホームエクスプレス阿南」ともにキハ185系が使用される。さらに年始には、高松駅発着の「やくおうじ号」が運転される。以前は高松駅発着で定期列車として特急「うずしお」が設定されていたが、1999年3月13日のダイヤ改正以降は高徳線と当線を直通する定期優等列車の設定はない。また、2014年3月14日までは徳島線の特急「剣山」も当線に直通していた。普通列車は全線を通して運転される列車もあるが、おおむね牟岐駅で運転系統が分かれている。徳島駅 - 牟岐駅・海部駅間の列車のほか、徳島駅 - 阿南駅・桑野駅間および牟岐駅 - 海部駅間の区間列車がある。一部の列車は高徳線板野駅・徳島線阿波川島駅・穴吹駅・鳴門線鳴門駅発着で運行されている。日中の利用客が少ない時間帯には大半の列車でワンマン運転を実施している。前記の通り牟岐駅 - 海部駅間は特急「むろと」も普通列車として運行されており、これの折り返しの海部発21時台の牟岐行きにもキハ185系が使用されている。なお、JR四国線内で定期の普通列車にリクライニングシート装備の車両が充当されるのは、この牟岐駅 - 海部駅間のみとなる。2010年3月12日までは桑野駅以南ではホームのかさ上げが行われておらず、1000形・1200形・1500形の乗り入れができず、これらの車両は徳島駅 - 桑野駅間のみで使用され、桑野駅 - 海部駅間に入線する列車とこれを含む運用にはキハ40系が使用されていたが、桑野駅 - 海部駅間についても2008年度末からかさ上げ工事が行われ、2010年3月13日のダイヤ改正に合わせて乗り入れが開始された。改正後は、阿南駅 - 海部駅間を走る普通列車の半数程度が1200形・1500形で運用される。なお、このかさ上げ工事は、ホームの高さを760mmから920mmにするものである。これにより、キハ47形の牟岐駅以南での定期運用がなくなった。また、牟岐駅 - 海部駅間では朝の2往復が阿佐海岸鉄道阿佐東線と相互直通運転を行っており、車両はJRの車両と阿佐海岸鉄道の車両が1往復ずつ使用されている。この直通運転は2008年3月15日のダイヤ改正で一時中止されたが、要望が多いことから2009年12月1日より再開された。海部駅発着の牟岐線列車はすべて阿佐東線の列車と接続している。なお、2012年3月17日のダイヤ改正より、朝の普通列車牟岐発徳島行き1本が、阿波中島駅・西原駅・立江駅・文化の森駅を通過するダイヤとなった。これは終着の徳島駅から発車する鳴門行き普通列車との接続に対応させたものである。市販の時刻表などには「普通」として表記されているものの、事実上快速運転を行っているため、駅の時刻表等には注意書きが記されている。あわせて従来の牟岐発徳島行き普通列車とほぼ同ダイヤで各駅に停車する阿南発徳島行きの普通列車が設定された。牟岐線で一部駅を通過する列車は3年ぶり、また阿南以北の駅を通過する列車としては1990年の開業時から一部の普通列車が通過していた文化の森駅が2000年に全列車停車になって以来の設定である。しかし、前記の牟岐発徳島行き普通列車は2013年のダイヤ改正で牟岐発鳴門行きとなり、2016年3月26日のダイヤ改正で阿波中島駅・西原駅・立江駅・文化の森駅にも停車するようになり、一部駅を通過する普通列車はなくなった。区間別平均通過人員（輸送密度：人/日）は以下の通り。徳島 - 中田間は、汽船会社の阿波国共同汽船が小松島港に発着する船との連絡線として1913年に開業させた徳島 - 小松島間の一部である。開業当初から鉄道院が借り上げて小松島軽便線として運営していた。なお、中田 - 小松島間は1985年に廃止されている。中田 - 羽ノ浦間は、私鉄の阿南鉄道が1916年に開業させた中田 - 古庄間の路線の一部である。鉄道敷設法では以南の建設線の終点を阿南鉄道の終点である古庄駅付近としていたが、羽ノ浦駅から分岐して延伸されることとなった。羽ノ浦 - 古庄間は阿南鉄道国有化後も貨物線として残っていたが1961年に廃止されている。羽ノ浦 - 海部間は当初から国鉄線として建設された。海部駅まで開業したのは1973年である。特急列車設定時に全線で最高速度110km/hの高速化が成されていたが、前述の1000形・1500形の投入とそのための改良工事によって、阿南以南でも普通列車が最高速度110km/hへと高速化される。また、将来完成する四国横断自動車道、阿南安芸自動車道の高速バスに対抗すべく、地上設備の改良を一部地元負担で行い、特急列車で130km/h運転を行う検討も始まっている。この動きは、予讃線の松山以西や土讃線にもみられる。ちなみに、JR四国の2009年度の事業に新型特急気動車の設計に着手することが盛り込まれている。徳島市内では徳島 - 文化の森付近間を高架化する計画があり、それに伴い徳島駅北側にある車両基地（徳島運転所）を地蔵橋 - 中田間の徳島市南部に移転する計画がある。地蔵橋駅、、阿波中島駅の交換設備を復活することが検討されている。立江 - 羽ノ浦間には新駅を設置する計画がある。なお、細々ではあるが、曲線区間を中心に重軌条化、PC枕木化が進んでいる。（貨）は貨物専用駅。羽ノ浦駅 - （貨）古庄駅廃止区間のものをのぞく。1961年以前は小松島線だった区間も含む。

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