1972年開学。僻地医療、地域医療の充実を目的に、各都道府県の共同の出捐によって作られた学校法人の形態を取る。このため、大学の運営には各都道府県の負担金や、「全国モーターボート競走施行者協議会」による競艇収益金の寄附金、大学のある栃木県が発行する特別の当せん金付証票（宝くじ、地域医療等振興自治宝くじ、愛称レインボーくじ）の収益金が充てられたりしている。名目上は学校法人自治医科大学が設置する私立大学となっているが、実際には自治省（現総務省）が設置した大学であり、総務省の自治系職員が大学に出向し事務局を統括し、元総務事務次官が理事長を務める。入試面では私立大学らしく大学入試センター試験には参加しない大学独自の方法で行うが、医学部ではその設置趣旨のためか各都道府県の定員枠（2名ないし3名）により選抜するという異色な方法をとる。医学部は全寮制であり、地域医療に従事する総合医養成という観点から、臨床実習に重点を置いた教育が特徴であり、臨床実習のための共用試験（CBT・OSCE）を日本の医学部で唯一3年次に行い、4年次から病棟実習を行うというスタンスを取っている。卒業後は採用枠都道府県の定めにより、公立病院を中心に9年間地域医療に従事することが求められている。９年間には、採用枠都道府県に所在する臨床研修病院・大学病院で行う２年間の臨床研修、２年間の後期研修、4年半の僻地診療所・病院での勤務を含む。6年間の学費は2200万円程度だが在学中は貸与され、卒業後9年間指定公立病院等に勤務した場合その返還は免除される。類似した制度を持つ省（庁）所管の医師養成機関として防衛医科大学校（防衛省所管）がある。看護学部は、前身の自治医科大学看護短期大学を改組し2002年に開設。医学部とは異なり通常の入試選抜方法をとる。なお、栃木県は国立又は公立大学の医学部・看護学部を持たない都道府県であり、自治医科大学がその役割を担っているため、医学部においては、他の都道府県の合格枠が2名または3名で毎年変動するのに対し栃木県枠は2008年度など一部を除き常に3名の合格を出したり、看護学部においては指定校推薦入学制度で栃木県内高校枠を確保したり等、両学部とも定員や入試制度上の地元枠配慮がなされている。但し2008年度の医学部入学試験においては栃木県の合格者が2名となり、東京都においても2008年にはそれまでの合格枠3名が2名になるなど、受け入れ方針の転換がなされているとみられる。入学定員を各都道府県に振り分けて合格者を決定する。そのため、入試成績上位の者が必ずしも合格するとは限らない。特に、有名進学校が存在する都道府県は激戦で、その分合格が難しくなる。過去10年間（H19年〜H28年)全国順位第一位６回、第二位２回と第五位２回で総合順位１位を保っている。本学は創成期より、即戦力となる若い臨床医を多数養成し、95%を超える卒業生が入学時の契約を履行して出身県の地域医療に貢献しており、卒業生の卒後についても積極的な支援を行ってきた。しかしながら、9年の義務年限終了後に引き続き地域に留まる卒業生は期待されるほどに多くはない。自治医科大学では、出身地を「受験者の出身高校の所在地」と定義している。従って、受験者本人の出身地（居住地）が出身高校と同一ならば問題がないが、寮生・下宿生・自宅が県境に近いなど出身地（居住地）とは異なる都道府県の高校に進学した場合、出身高校の所在地が「出身地」として登録されるため、卒業後9年間を本人の帰属意識が全くない地域の僻地医療に携わるという問題が生じる。このため、「出身地を本人の出身地にしてほしい」との要望も出されていた。平成22年度入試より医学部ではこの条件が拡大され、「入学志願者の出身高校の所在地」に加え、「入学志願者の現住所の所在地」および「入学志望者の保護者の現住所の所在地」となった。1986年度以降に義務年限を終えた計1782人の卒業生について、厚生労働省の要請を受けた総務省の2005年7月時点の調査によると、自治医大の卒業生が出身地にとどまる定着率は、都道府県によって最高90%から最低50%までと大きな格差がある（全国平均は70.9%）。地元への定着率が最も高かったのは新潟県の90%で、岩手県、沖縄県、奈良県など11県が80%を超えた。逆に、定着率が最低だったのは福島県および熊本県の50%で、東京都や佐賀県などの6都県も50%台であった。徳島県出身で（旧制）高知高等学校卒の秋田大助自治大臣出席のもと高知県で開催された「一日自治省」において、過疎地の医師不足解消のために医科大学（6年制）よりも短期間で医師を養成することが出来ないかとの話になったが、かつての（旧制）医学専門学校のようなものでは医師の質の問題があるということで6年制での医科大学となり、1972年（昭和47年）に創立した。1968年（昭和43年）から始まる東京大学医学部の東大紛争（全学共闘会議）は1969年（昭和44年）1月の東大安田講堂事件によって一応の収束をみるが、この過程で東京大学の医師が新設される当大学に流れてきた。

出典:wikipedia