伊賀上野駅（いがうえのえき）は、三重県伊賀市三田にある、西日本旅客鉄道（JR西日本）・伊賀鉄道の駅である。JR西日本の関西本線と、当駅を起点とする伊賀鉄道伊賀線の接続駅となっている。JR西日本および伊賀鉄道の共同使用駅で、JR西日本が管理している。駅業務はJR西日本が担当し、関西本線非電化区間（亀山駅 - 加茂駅間）の途中駅としては、亀山鉄道部が管理している唯一の直営駅である。地上駅であり、切欠ホームの1番のりばがある単式ホームの2番のりばと、島式ホームの3・4番のりばの複合型2面4線のホームを持つ。伊賀鉄道が1番のりば、JRが2・3・4番のりばを使用している。駅舎は2番ホーム側にあり、島式ホームへは跨線橋で結ばれている。2・3番のりばは場内信号機・出発信号機が一方向のみの設置であり、逆線入線ができないが、4番のりばのみ双方向に設けられている。そのため、当駅折り返しの加茂方面行きは4番のりばを使っている（線路保守目的を兼ねた亀山方面行き列車の停車も少ないながらある）。自動券売機があり、JRの券売機で伊賀鉄道の乗車券も発売（近鉄時代と同様）、伊賀鉄道唯一の磁気券となる。ホーム上には伊賀鉄道からJRに乗り換える利用客向けの券売機が設置されており、JRの乗車券が販売されている。便所は2番ホーム上亀山寄りにあり、バリアフリー対応・男女別の水洗式。2007年に改築されるまでは男女共用の汲取式であった。改札外の公衆便所も同じ建物にある（改札内側とは壁で仕切られている）。伊賀鉄道ホームの駅名標はJR仕様(関西線ラインカラー)のものが使われていて、吉野口駅の近鉄吉野線ホームとは異なり、JRロゴも入っている。表形式の近距離きっぷ運賃表があり、かつ、名古屋駅・金山駅と大阪環状線の全駅が100km以内となる駅は全国で当駅だけである。なお、伊賀市の中心駅は当駅ではなく上野市駅である。当駅と上野市駅の間は伊賀鉄道の電車で7分かかる。2014年度の1日平均の乗車人員はJR西日本が約656人、伊賀鉄道が342人（JRからの乗り継ぎ人員を含む）である。表中、最高値を赤色で、最高値を記録した年度以降の最低値を青色で、最高値を記録した年度以前の最低値を緑色で表記している。近年における当駅（伊賀鉄道）の1日乗降人員の調査結果は以下の通り。

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