JR藤森駅（ジェイアールふじのもりえき）は、京都府京都市伏見区深草大亀谷大山町にある、西日本旅客鉄道（JR西日本）奈良線の駅である。JR藤森駅の近くには、京都でも歴史の古い藤森神社があり、この地域は鎌倉時代ごろから藤森神社に由来して「藤森」と呼ばれていたことから、駅名に「藤森」が採用された。これに加えて、京阪本線の藤森駅と区別するために「JR」を冠している。「JR」を冠する駅名はJR西日本独自のもので、他のJRグループ各社には見られない。相対式ホーム2面2線を持つ地上駅で、掘り割り型の橋上駅舎である。京都方面が複線、宇治方面が単線の交換可能駅でもあり、京都駅から来た列車は当駅から単線区間に入る。ホーム間の移動は跨線橋で行なう。日中は、普通城陽行きが普通奈良発京都行きの到着待ちを行ってから発車する。普通奈良行きは普通城陽発京都駅と当駅ー稲荷駅間ですれ違うが、前者が少しでも遅れた場合には後者は当駅で到着を待ってから発車する。宇治駅が管理し、ジェイアール西日本交通サービスが駅業務を受託している業務委託駅である。ICカード乗車券「ICOCA」を利用することができる（相互利用可能ICカードはICOCAの項を参照）。みどりの窓口の設置はなく、窓口での発券はPOS端末によって行われている。JRの特定都区市内制度における「京都市内」の駅である。京都府統計書によると、1日の平均乗車人員は以下の通りである。JR藤森という駅名を名乗ってはいるが、京阪本線の藤森駅とは離れており、むしろ墨染駅の方が近い。ただし住所表記としての、京都市伏見区深草藤森町（京都教育大学の所在地）からは最も近い位置にある。

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