新水俣駅（しんみなまたえき）は、熊本県水俣市初野にある、九州旅客鉄道（JR九州）・肥薩おれんじ鉄道の駅である。九州旅客鉄道（JR九州）の九州新幹線 (鹿児島ルート)が乗り入れており、当駅には「さくら」、または「つばめ」が毎時1 - 2本程度停車する。「さくら」のうち、新大阪駅発着の列車が1日に8.5往復停車している。なお、当駅に停車する「さくら」は熊本駅 - 鹿児島中央駅間は各駅停車となる列車のみで、同区間を速達運転する列車は当駅には停車しない。肥薩おれんじ鉄道線の駅は、JR九州鹿児島本線の津奈木駅 - 水俣駅間にあった初野信号場を肥薩おれんじ鉄道開業と同時に駅とし、九州新幹線との接続駅としたものである。新幹線との乗り換え客が少なく、肥薩おれんじ鉄道の快速「スーパーおれんじ」は当駅を通過している。また、乗り換えは一旦駅本屋を出る必要があり、JR側の窓口や券売機でも肥薩おれんじ鉄道の乗車券は扱っていない。単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを持つ高架駅であり、通過列車の待避、および折り返し運転ができる構造となっている。通過線がなく、安全のために可動式安全柵が設けられている。みどりの窓口設置の直営駅である。駅舎の設計は渡辺誠+西部交通建築事務所。くまもとアートポリス第9回推進賞受賞。駅前広場の「新水俣門」も駅舎の設計者渡辺誠によるモニュメント。分かれ再び融合する枝のようなデザインは、コンピュータプログラムにより発生させた形態をもとにしている。待避列車と折り返し列車は副本線である11番線を使用する。副本線は上り本線側に設置されているが、駅前後に存在する渡り線を介すことで上下線どちらからでも入線することができる。現在は臨時列車の一部が当駅で通過列車の待避を行うが、定期列車では当駅で待避を行う列車は設定されていない。また、かつては鹿児島中央駅方面へ当駅始発・終着の列車が早朝・深夜に1本ずつ運行されていたが、2011年3月12日の九州新幹線全線開業に伴うダイヤ改正で熊本駅発着となり、現在は当駅発着の列車は設定されていない。2016年4月14日から16日にかけて発生した熊本地震では新玉名駅 - 新水俣駅間が被災して特に熊本駅 - 新八代駅間で列車脱線や大規模な施設の損傷が発生し、熊本駅 - 新水俣駅間が長期運転不能となった。このため暫定措置として、4月19日から全線運転再開日となった27日まで当駅 - 鹿児島中央駅間で運転本数を大幅に減らした暫定ダイヤで折り返し運転を行い、約5年ぶりに当駅折り返し列車が運行された。この間の暫定ダイヤでは全列車つばめ号で運行され、当駅は全列車とも11番線を使用しての折り返し運転が行われた。島式ホーム1面2線を有する地上駅で、無人駅となっている。ホームへは構内踏切を介して出入りする。独自の駅舎はない。ホームはかなり狭い上に貨物列車が通過するため、転落防止柵が設置されている。また、ホームの狭さや踏切動作などの関係で、事故防止のため上下線とも通過列車の最高速度が40km/hに制限されている。

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